El Museo Mineralógico "Ignacio Domeyko" tiene por finalidad difundir el conocimiento científico y cultural de los minerales a través de las funciones esenciales de conservación, documentación, investigación, exposición, difusión y extensión cultural.
El Museo como institución cultural pone en contacto a la comunidad con la naturaleza (reino mineral) e instruye sobre los minerales de los yacimientos en explotación que son la base de la economía del país. En el aspecto académico, el Museo constituye un complemento principal de la docencia mineralógica y petrográfica, así como también para los cursos de geología económica. Contribuye, en esta forma, de manera importante a la formación de los ingenieros de minas de la Universidad de La Serena, el 26 de agosto de 1887.
Sus primeras dependencias se ubicaron en la vieja casona de la familia Magallanes Valderrama y, para una mejor atención, el año 1984 se hizo una remodelación del Museo, que conllevó la exhibición de las diversas piezas mineralógicas con fines didácticos y recibir al visitante exponiéndole en un mapa con luces de color la ubicación de los principales recursos mineros de la IV Región. Durante el año 2008, se presentó un proyecto de remodelación del Museo al Fondo Nacional de Desarrollo Regional, de la Intendencia regional de Coquimbo, obteniendo 17.000.000 de pesos para renovar la presentación al público escolar de la zona que lo visita constantemente, así como a los turistas de distintos puntos de Chile y el extranjero.Su contribución interna se manifiesta a través de la docencia, investigación y extensión desarrolladas por académicos del Departamento de Ingeniería de Minas, además de memorias de título de estudiantes de la carrera de Diseño y de Ingeniería en Minas.
Desde el enfoque externo, se observa una participación desde el ámbito educacional, con numerosas visitas de estudiantes de colegios (kínder a educación media) y universitarios, además de proyectos con JUNJI y EXPLORA. Se suman las visitas de turistas y delegaciones nacionales y extranjeras invitadas por diversas instituciones de la región de Coquimbo.